序祯达新品上市！实现全转录组信息获取的高通量药物筛选方案

随着分子生物学和功能基因组学的研究发展使得新药靶标大量涌现，缓慢的人工筛选技术已经无法满足药物研发的需求，那么如何利用高通量筛选技术来推动药效评价？

上周，新格元生物科技市场中心-市场总监周运来先生与序祯达生物科技产品经理赵文静女士在直播间为大家带来了最新上市的“序祯达高通量药物筛选方案”。错过直播的小伙伴们不用担心，我们将回放视频和关键内容做了以下整理，接下来跟着小编一起看看吧。

整场直播围绕以下提纲对高通量药物筛选技术进行分享和探讨：

1、高通量药物筛选平台介绍

2、高通量数据推动抗肿瘤药物的高效研发

3、基于高通量药筛平台快速建立大规模药物转录组数据库

高通量药物筛选技术是以分子、细胞水平的实验方法为基础，采用微孔板作为实验载体，以自动化操作系统执行试验过程，灵敏快速的检测方法采集实验结果数据，并以得到的相应数据库支持运转的技术体系，全面描述不同小分子化合物、配体以及基因沉默扰动下的多层次细胞反应(如转录水平、蛋白质表达水平、细胞表型等)。

药物研发是最复杂的科学领域之一，需要综合多种学科的理论和方法。序祯达携手新格元近期推出的“高通量药物筛选全转录组检测”解决方案，实现数百种候选药物和实验条件同时检测，获取全转录组层面更丰富的药物作用信息，利用表达谱分析定位至药物影响下细胞的特异代谢途径，同步揭示药物作用后细胞转录变化，全面、深入评估候选药物，提升药物发现的效率和成功率。

问题集锦回顾

小编整理了在线观众的问题及答案，与大家共享。

问1

高通量药物筛选RNA测序方案，是否涉及药物的处理？

答1

不涉及，此技术方案用于高通量药物处理结束后的细胞RNA的捕获，一步获得cDNA，进而构建一个汇集多种药物化合物处理不同样本的混合RNA-seq文库，快速获得每种药物的转录本和靶向基因表达信息。

问2

药物处理结束后，进入Onestep反应中细胞量质控要求？

答2

药物结束后在显微镜下观察细胞状态并做相应记录，建议进入Onestep反应体系中的2μL的裂解产物中的细胞投入量大于100cell/well。如果细胞在药物处理后状态差或者出现大量凋亡，可能会导致进入Onestep反应中细胞量小于100cell，进而影响此well的测序量。

问3

药物筛选混合建库测序时，是否有推荐的测序量？

答3

根据实验目的不同，有不同测序深度，一般每个样本孔（Well）建议测5-25MillionReads。

问4

同时几个药物和几个时间点，怎么用barcode区分？

答4

96孔板或者384孔板LysisMix每个孔都对应一个UniqueBarcode序列，在药物处理完成之后，在细胞裂解的过程中每个well里的细胞都被添加上相同的Barcode信息，而不同well间的barcode不同。

问5

每个well数据量建议多少？数据量平台期多少reads？

答5

每个孔的reads数在5-25millionsread，建议是先测到1一3 Millionread的数据量，我们有一个基本推荐的测序量，之后看需不需要进一步的加测或者更加深度的去测是可以根据不同的药物和不同实验设计来做决定的。

问6

整板混合，如何控制数据量的均衡度？

答6

由于经过药物处理后的活细胞数量，或者RNA扰动都会存在差异，所以会存在不同处理间数据不均衡的状态，可以通过严格控制初始细胞投入量一定程度上缓解这一情况，如果十分在意不同处理数据量分配不均衡的问题，可以针对每个孔的cDNA进行定量，等量混合进行建库，这样可以比较有效的保证数据分配的均衡度。

关于序祯达

序祯达公司介绍序祯达是中国领先的多组学研究和临床服务提供商，致力于基因组学、表观组学、转录组学、蛋白组学和其他相关服务。本着以研究为首任，以客户为中心的宗旨，支持药物研发企业进行药物筛选、生物标记物发现和临床试验。

序祯达提供按照CLIA/CAP以及ISO15189标准验证的多样化基因组学和蛋白组学检测，其中包括基因分型和基因表达qPCR检测，NGS检测和蛋白质生物标志物检测。

其中最具特色的检测包括FoundationOne CDx、用于组织和ctDNA的Illumina TSO500、10x Genomics/新格元/Mission Bio单细胞解决方案、Olink Target 96/48、Olink Explore 3072/384及宏基因组、mRNA、smRNA、全基因组和外显子组测序等，并可根据项目需求提供定制化检测。