序祯达技术助力肿瘤耐药突变鉴定与耐药克隆发现

2022年4月15日-4月21日是第28个全国肿瘤防治宣传周暨中国抗癌日，本次宣传周主题为“整合资源，科学防癌”。肺癌中KRASG12C突变是EGFR靶向治疗预后不良的生物标志物，针对KRASG12C蛋白非活性状态的选择性抑制剂研究获得喜人进展，很多同类研究产品取得积极进展并进入到临床阶段，靶向药治疗后续的获得性耐药亟需探究，通过序祯达多组学技术平台可以赋能科研，助力肿瘤药物取得进一步的研究。

序祯达基因panel全方位鉴定肿瘤低频获得性耐药突变

KRAS编码蛋白是小GTPase超家族的成员，是RAS/MAPK信号通路的关键组成，KRAS基因突变导致将RAS持续性激活下游信号通路，促进细胞的恶性转化。KRAS突变是肿瘤最常见的基因突变之一。

一项关于KRASG12C 抑制剂治疗获得性耐药的研究，评估了43例携带KRASG12C 基因突变的肿瘤患者接受sotorasib治疗，对患者治疗前后肿瘤组织或血浆中游离DNA进行基因检测，发现其中27例患者携带药物治疗引起的获得性突变，包括KRAS、NRAS、BRAF、EGFR、FGFR2、MYC以及其他基因的变异。

然而药物引发的获得性基因突变频率非常低，研究人员不能确定这些独立发生的突变是否导致了sotorasib的耐药发生，选取了8位患者肿瘤样品构建小鼠PDX模型，使用Vehicle或者G12C抑制剂（sotorasib，Adagrasib和MRTX1257）处理，基因检测发现Lu3和Lu36样品分别出现KRASG13D 和BRAFS147N 新的突变，显示出与临床数据相同的突变情况，可能G12C抑制剂耐药有关。

针对肿瘤靶点用药指导和生物标志物发现，序祯达推出肿瘤基因检测大panel（OncoCODE/TSO500）用于实体瘤组织样品的检测，覆盖了FDA、NCCN、CSCO等国内外专家共识和诊疗指南推荐的、化疗药物疗效预测、肿瘤遗传风险等肿瘤相关基因，同时报告MSI/TMB等免疫治疗相关指标，并按照CLIA/CAP标准完成了完整的临床分析验证。对于难以取得肿瘤组织的情况，也针对性的开发了ctDNA检测版本panel。

序祯达单细胞DNA测序揭示耐药机制

以上，KRAS/BRAF基因突变可能导致G12C抑制剂的耐药，研究人员进一步选取H358细胞系（KRASG12C突变，G12C抑制剂敏感）及的三个衍生细胞系1M、R1和R2（G12C抑制剂耐药）进行单细胞DNA测序（TapestriPlatform, MissionBio），探索KRAS/BRAF基因突变对G12C抑制剂的耐药机制。发现在耐药细胞中2oRAS(RAS 基因发生的继发性突变)与KRASG12C 突变同时发生，且耐药细胞系中存在多个突变克隆。

研究人员在G12C抑制剂处理H358进行衍生耐药细胞系筛选过程，发现下游ERK信号通路抑制状态减弱与耐药进化状态一致，基因测序结果也证实了耐药相关克隆优势。H358细胞系导入dox诱导表达的2oNRAS突变基因，dox和sotorasib同时处理后发现，包含2oNRAS突变的细胞系对sotorasib药物响应减弱，2oNRAS细胞系比例与处理后活性细胞的比例正相关。

序祯达肿瘤多组学技术平台，拥有丰富的丰富的项目经验，可实现在不同层面、不同精度上对药物靶点、耐药机制研究等各方面为客户提供个性化的基因解决方案，助力药物研发客户抗肿瘤药物的研发。

序祯达提供临床和研究目的的肿瘤基因检测大panel，覆盖了NCCN、CSCO等国内外专家共识、临床诊疗指南推荐的，及关键信号通路的肿瘤相关基因，经过完整的严格验证，用于临床靶向用药指导及生物标志物发现；基于ctDNA分子的肿瘤检测panel，应用于肿瘤患者微小残留病灶（MRD）发现；提供10XGenomics/Singleron 单细胞RNA技术方案用于肿瘤微环境分析；提供Olink蛋白组学技术分析肿瘤免疫微环境；提供Tapestri技术用于单细胞基因变异分析，探究肿瘤克隆进化及耐药性等研究

序祯达与MissionBio达成战略合作，全面服务中国药物研发客户，提供单细胞多组学解决方案。Tapestri平台以DNA为基础，专有的两步微流控工作流技术准确地检测来源于同一细胞的SNV、CNV和蛋白质等分析物。Tapestri技术在单细胞水平上关联基因型和免疫表型，探索药物作用机制，发现生物标志物；单细胞水平研究疾病进展、分析微小残留病灶（MRD）；克隆变异情况研究耐药性；细胞和基因治疗中，准确的单细胞编辑分析指导工艺流程优化。

参考文献：

1 Awad M M, Liu S, Rybkin I I, et al. Acquired resistance to KRASG12C inhibition in cancer[J]. New England Journal of Medicine, 2021, 384(25): 2382-2393.

2 Zhao Y, Murciano-Goroff Y R, Xue J Y, et al. Diverse alterations associated with resistance to KRAS (G12C) inhibition[J]. Nature, 2021, 599(7886): 679-683.