直播回顾：突破空间障碍-FFPE空间转录组研究应用及进展

导读：本周序祯达发起了“突破空间障碍-FFPE空间转录组研究应用及进展”线上直播课，仁科生物科技张光旭博士以及序祯达研发实验室负责人潘轶博士远程连线，做客序祯达直播间，纵览了FFPE空间转录组整个流程并解释了其背后的技术。之前错过直播的小伙伴们不用担心，我们将回放视频和演讲内容做了以下整理，接下来跟着小编一起看看吧。

FFPE空间转录组研究进展令人瞩目

空间转录组学可以说是继单细胞转录组之后，又一项引人瞩目的新兴技术，也被Nature Method评为2020年的年度技术。细胞在空间位置上的相互关系对于细胞功能的行使具有重要影响，空间位置研究对组织器官发育，疾病发生机理，免疫微环境等方面研究都具有重要意义。

序祯达将进一步扩展空间生物学的可能性

序祯达实验室FFPE空间转录组产品现已正式上线。直播间中张光旭博士介绍道，FFPE空间转录组产品不仅能够以RNA测序的发现能力和通量对FFPE组织进行空间基因表达分析，还能够将其与这些样本上常规开展的组织学分析进行配对，让研究人员能够在形态学背景下实现真正的探索。此外，该产品可分析整块组织切片，打破只分析预先定义的感兴趣区域的边界，让您不会错过重要的生物学信息。这意味着您能够确定哪些基因在FFPE组织中表达，以及表达的位置和数量等重要信息。

01您想要了解的技术原理：

图：来自10x Genomics官网

①　对FFPE组织进行切片，并将其放置在Visium基因表达载玻片上。

②　在成像后，将针对转录组内每个基因的特异性探针与其基因靶点杂交，然后彼此相连

③　制备测序文库

④　在获得测序数据后，通过空间条形码将带有条形码的文库映射回捕获区域上的特定数据点

⑤　随后可以使用可视化软件，将空间分辨的基因表达数据与组织切片的高分辨率显微镜图像相叠加，从而以组织形态为背景来观察任何mRNA或mRNA组合的表达

02您可以获得的产品优势：

图：来自10x Genomics官网

①　更容易地使用已存档的生物库样本进行生物标记物发现

②　进行回顾性研究和纵向研究，以追踪特定时间内的生物学过程

③　通过结合免疫荧光技术，同时进行蛋白和基因表达可视化检测，或与H＆E技术结合进行形态学分析，充分挖掘珍贵的组织样本中的信息

03在您送样前的小贴士：

样本需求：

①　石蜡包埋组织块

②　组织区域大小： 6.5×6.5mm，较大的组织将被切除

③　切片厚度：5微米

样本质控：

①　石蜡包埋组织提取的RNA，要求DV200≥ 50%

②　组织黏附试验:确保切片与试片黏附良好

问题集锦回顾

小编整理了在线观众的问题及答案，与大家共享。

问1

探针的序列是特异性的吗？还是都是一样的？

答1

探针是根据人和小鼠的转录组序列进行特异性设计，同时会考虑异构体的情况。采用左右两边探针联合的方法，也能够大大的降低非特异性，因为只有两个探针同时结合，而且两个探针的序列相互匹配，才会被认为是有效数据。探针都带有相同的polyA尾，所以玻片上捕获探针的接头序列是一样的。

问2

探针特异性好是指错误率低的意思吗？

答2

特异性好是指设计的过程中，厂商已经做了大量的测试评估探针的特异性，进行了优化，去除了特异性不好的探针。

问3

一共会有2万对探针吗？

答3

根据基因数量，小鼠试剂盒大约有2万对探针，人试剂盒大约有18,000对探针。每个基因有至少一对探针。

问4

FFPE空间探针的设计是否可以单独设计？

答4

目前还不可以，未来将会开放定制。目前的探针设计针对人和小鼠的全转录组，是已经优化过的固定设计，但是后续已经计划采用开放的设计方案，可以自己合成感兴趣的基因探针，或者加入一些异构体的研究等等。

问5

为什么FFPE组织不用透化？

答5

不是不用透化，而是针对FFPE样本的透化时间是固定的，不需要像冷冻切片一样进行测试。当探针完成结合，将mRNA分子降解掉之后，还是需要用透化的方式使探针掉落在玻片上，由玻片上的接头进行捕获。

问6

DV200可以详细介绍下吗？

答6

DV200指的是RNA样本中，长度大于200 nt的RNA分子数量占总分子数量的比例。DV200值越高，表明RNA分子的完整度越高。空间转录组的探针长度是25+25 nt，RNA分子越完整，跟探针结合的几率就越高。如果RNA降解得过短，就会影响探针的捕获效率。

检测样本DV200时，一般切取5-10片切片进行RNA抽提，再使用片段分析仪进行RNA分子长度检测。

问7

对于样本保存时间是否有要求？

答7

没有一定的要求，主要看DV200是否符合标准，目前最长做过保存10年的样本，一般来讲保存2年内的样本合格率更高。

问8

最多支持多少种抗体染色？

答8

目前最多支持6种，对于使用的抗体没有特殊要求，一般荧光抗体即可。

问9

同一个样本是否需要做多张切片？

答9

主要是根据不同的研究目的来评估，比如研究三维结构可能要做连续的切片，看三维结构的共性可能要找到不同组织进行连续切片；一般常规研究最重要的是要找到感兴趣的相关区域和位置，对该区域进行切片检测。

问10

目前的FFPE组织在肿瘤中有没有相关文献的发表？

答10

作为一项非常新的技术，最近已有相关文章发表，一篇文章研究了肾细胞癌，另一篇研究的是乳腺癌，大家如果感兴趣的话可以在序祯达公众号后台留下您的联系方式。

写在最后：序祯达FFPE空间转录组产品正式接受预定，欢迎咨询：021-20500599。