TELL-Seq超长读长在单倍体分型、结构变异分析上的广泛应用

导读：上周序祯达发起了“TELL-Seq超长读长在单倍体分型、结构变异分析上的广泛应用”线上直播课，美国Universal Sequencing Technology (UST) 公司共同创办人，CSO陈宙涛博士以及序祯达研发实验室负责人潘轶博士做客序祯达直播间。之前错过直播的小伙伴们不用担心，我们将回放视频和演讲内容做了以下整理，想了解更多TELL-Seq长读长测序技术就跟着小编一起来看看吧。

不同目标的测序分析对于测序读长常有不同的要求。长片段测序在遗传病相关的基因分型研究，复杂结构变异，或者是新物种基因组的组装中都十分重要。以往提到长片段测序大多都是三代测序，而TELL-Seq技术是基于二代测序的一种全新解决方案。

直播中陈宙涛博士介绍道，TELL-Seq技术（Transposase Enzyme Linked Long-read Sequencing）是将DNA打断成长片段, 并同时在每个长片段上加一个独特的标签, 然后再把长片段进一步打断成小片段，每个小片段带有相同的标签, 测序完后，根据标签将所有小片段拼接还原成原来的长DNA序列。

TELL-Seq文库制备流程

TELL-Seq二代测序关联长读长文库构建技术可以帮助研究人员从短读长reads中提取远距离信息，平均等价读长达20kb到100kb，一次最多可进行四个大基因组或12个较小基因组的基因组文库制备。

标准人类基因组

SNV/InDel变异检测精度

TELL-Seq测序与传统方法相较具有以下优势

用二代测序平台进行长片段测序，比三代测序更经济

等效测序长度大于50kb DNA片段

DNA需求量低至0.1-5ng

De novo组装、结构变异、基因组phasing、宏基因组学研究

TELL-Seq关联长读长文库构建技术能够让短读长的二代测序平台产生超长读长的结果，帮助研究人员更有效地识别生物体与个体之间的结构变异，对基因组进行分型，以区分序列或变异来自哪个亲本染色体。该技术为NGS文库构建提供了全新思路，未来在多应用场景下，提供超越短读长测序的更多信息。

小结

长读长测序技术一定程度上弥补了二代测序的局限性，为基因组研究提供了全新的手段和分析策略，极大的加速基因组学研究的进展。序祯达提供从样品准备、建库、测序、分析等一系列全方位TELL-Seq测序整包服务，助力二代测序关联长读长文库构建技术应用市场开发和成果产业化。

问题集锦回顾

小编整理了在线观众的问题及答案，与大家共享。

问1

合成长读长和关联长读长是一样的吗？

答1

是的，从广义上来说关联长读长实际是合成长读长的一种。但是还有一种说法是把合成长读长作为一个狭义的定义，狭义的合成长读长它可以把短读长提前拼凑成长读长的功能。TELL-Seq和Linked reads也是不一样的，TELL-Seq虽然也是产生的短长，但直接是用Barcoded信息把短读长用于后面的分型或者组装过程中，在这期间并不是把这些短读长重新拼凑成长读长，这是狭义的合成长读长跟关联长读长的主要区别。

问2

能说下样本要求吗？

答2

如果是做全基因组分析，要想得到最好的测序结果，DNA的样本的长度是越长越好，但是对例如靶向测序这类应用，对 PCR产物进行测序，DNA的长度要求可能会低一些，还是要根据不同的应用区别对待。

问3

对于靶向测序而言，先靶向后使用TELL-Seq，相较于先构建TELL-Seq文库再靶向这两种方式哪种更好？

答3

取决于主要的应用，如果目的是要研究分型，先靶向的话一定要能很好的提取长片段DNA，当然对TELL-Seq来说这种应用实际些效果会更好一些，主要的难度在于这种长片段DNA的靶向捕获现在没有很好的方法；反过来说，如果是先用TELL-Seq制作文库再用探针捕获，因为在捕获之前你需要做全基因组的文库构建，所以它的成本相对来说会稍微高一些， 后面捕获的效果相比要稍微差一些。

问4

拼接还原后的读长上限是否是取决于Input DNA的长度，有没有提取试剂盒的推荐？

答4

还原之后的长度跟提取DNA的质量是相关的，一般理想情况下建议用专门的长片段DNA提取方法。因为常规的DNA提取的方法，DNA的片段已经只有20KB左右，如果结果想达到100KB以上的长片段，Input DNA长度一定要在那之上。市场上有很多长片段DNA提取的方法，具体可以咨询序祯达公众号后台或拨打热线021-20500599。