肿瘤全景变异NGS助力药物伴随诊断开发和新兴分子标志物探索

感谢大家对序祯达SEQUANTA直播间的关注，9月29日序祯达生物科技发起了“肿瘤全景变异NGS助力药物伴随诊断开发和新兴分子标志物探索”线上直播课，邀请到因美纳Illumina刘燕博士担任主讲嘉宾，与观众分享肿瘤精准治疗时代全景变异NGS检测的研究成果及主流趋势。之前错过直播的小伙伴们不用担心，我们将回放视频和演讲内容做了以下整理。

基于NGS检测患者特异性分子突变

肿瘤病症纷繁复杂，而基因测序可以帮助医生明确患者特异突变基因，有利于协助医生制定后续精准用药等治疗方案。二代基因测序（NGS）是一种高通量的基因测序手段，能一次性检测出更多、更广、更全的基因位点，识别各种与肿瘤相关的基因变异类型，被广泛用于诊断和分子分型、指导治疗药物选择、遗传风险相关基因评估等方面，是当下帮助患者获得临床肿瘤精准诊疗的重要手段。

全景变异NGS检测实现精准治疗

直播中刘燕博士提到，“肿瘤基因检测的发展有三个大趋势，以FDA获批的NSCLC伴随诊断检测为例，首先检测位点越来越丰富，从2011年ALK一个基因的检测到2017年开始获批了若干个包含几百基因的检测panel；另外，样本类型从最初只有组织切片样本，到包含了cfDNA体液样本；最后，检测方法从最初的单位点检测，比如FISH/PCR或IHC，到可以同时检测大量位点的NGS方法。与肿瘤基因检测的发展趋势相一致，全景变异分析NGS（CGP NGS）技术应运而生。”

与传统单基因检测或热点检测相比，全景变异NGS可以覆盖基因的全部CDS区域、重要内含子区域，同时识别重要分子标志物如TMB,MSI等等。
她以Illumina因美纳肿瘤领域明星产品TruSight™ Oncology 500（TSO500）为例。TSO500是一种仅供研究使用的泛癌种检测，可实现从组织到血液活检的全景变异分析。TSO500共涵盖523个基因，其中组织版可以同时使用DNA+RNA样本。作为代表性CGP产品，TSO500涵盖检测基因的全部外显子区域和重要内含子区域，可以检测SNA/INDEL小变异、拷贝数变异、融合和剪接变异，以及重要肿瘤免疫标志物TMB、MSI。

肿瘤融合突变在癌种扮演重要作用

以NTRK为例，融合突变一般有丰富的融合伴侣。因此ESMO working group推荐NTRK融合突变的检测使用NGS方法，其中使用RNA作为起始样本的RNA NGS方法在敏感性、特异性、检测新发融合突变型等方面具有更好表现。靶向RNA NGS一般有两种技术路线，分别是PCR扩增子方法，以及基于RNA的杂交捕获方法。两者均可以很好检测已知融合突变，而RNA杂交捕获在检测新发融合上具有更大优势。

直播后半段刘燕博士详细补充了不同融合突变检测方法之间的差异。“例如之前进行的研究，对涵盖NTRK基因的不同检测方法进行了计算机模拟比较，结果显示TruSight™ 170（与TSO500的RNA部分一致）和TruSight™ RNA Fusion可100%覆盖已报道/已知的NTRK融合变异。另外基于德国科隆大学医院病理研究所，2021年发表在BMC Medical Genomics的文章中对携带NTRK1/3, MET, FGFR, ALK, ROS1, BRAF, RET融合阳性突变的细胞系和阳性FFPE样本，平行比较5款NGS试剂盒，其中基于RNA杂交捕获的TruSight™ Tumor 170（RNA部分与TSO500一致）表现最佳，检出所有融合突变。”

综上在未来的发展中，相同来源或不同来源的多种生物标志物，生物标志物明显可以协助准确判断预测免疫治疗的有效性、承担指导临床药物使用的重要角色，因此相关探索依旧是近年来肿瘤免疫治疗研究必将持续的热点及挑战。